ポケモンマスターを目指すヒロシと相棒のピカチュウ、レオンは、旅の途中でマリオンシティと言う大きな街にやって来ていた。ヒロシが古びたポケモンセンターに着くと、そこは丁度、作業員達によって強引に取り壊されそうになっていた。取り壊しを止めようとするジョーイさんを助けるヒロシ。聞けば、このポケモンセンターは取り壊す必要が無いうえ、若くして命を失った友達“ニック”との大事な思い出が詰まった場所なのだと言う。無茶な取り壊しを何とか止められないかと悩むヒロシ。その目の前に突如、緑色の光に包まれたポケモンが現れた・・・！