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光熱斗とロックマンはネットセイバーとして、相変わらず多忙な日々を送っていた。
そんなある日。
獣の姿を持つ電脳獣・グレイガと鳥の姿を持つ電脳獣・ファルザーが現れ、現実世界、電脳世界の区別なく暴れまわるという事件が起きる。

そしてその日を境に不気味な事件が連続して発生するようになった。

獣化した姿を持つ電脳生命体・ゾアノロイドが熱斗たちの世界に現れ、熱斗たち、ロックマンたちの住む世界を脅かし始めたのだ。