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放送以来各方面で話題となった、環境をテーマにしたキッズステーションオリジナル特撮番組の続編！！

そう遠くない未来・・・人類は自らの環境破壊とエコクラッシャーと呼ばれる悪の軍団によって存亡の危機にさらされていた。
片桐博士によって生み出された人類最後の希望である環境超人エコガインダーは時空を超え、環境破壊によって危機となる歴史の分岐点である21世紀においてエコクラッシャーの女王クイーン・デスガイアを退くことに成功した。
しかし、デスガイアは再び子ども達に環境破壊活動を促進させる習慣を植え付ける計画を画策し、新たなるエコクラッシャーを21世紀へおくりこんだ。
子ども達の未来と地球を守るためエコガインダーの時空を超えた新たなる戦いがまた始まる！！