©2007 青山剛昌／小学館・読売テレビ・日本テレビ・小学館プロダクション・東宝・TMS

小五郎に連れられ、太平洋に浮かぶ“神海島”へバカンスに訪れたコナンたち一行。その島には古くから、海に沈む古代遺跡“海底宮殿”と、３００年前に実在した女海賊“アン・ボニー”と“メアリー・リード”の遺した財宝伝説が語り継がれていた。
蘭と園子は海底宮殿近くの海中でスキューバダイビングを楽しむが、そこで二人は、財宝を狙うトレジャーハンターと遭遇する。突然、ハンターの一人が、サメの群れに襲われる。蘭と園子は命からがら逃げ延びるが、襲われたハンターは死亡。駆けつけたコナンはハンターの死に不審な点を見つけ、灰原とともに捜査を開始する。
ハンターは、海賊の宝をめぐり殺されたのか？
コナンたちは、トレジャーハンターを探る一方、事件の動機と思われる財宝伝説と、海底宮殿の謎解きに挑む。
捜査を進める上で浮かび上がる、謎の言葉“ジョリー・ロジャー”。
伝説に秘められたメッセージとは何か?海底宮殿に隠された秘密とは…。