ディアルガとパルキアの戦いにより、時間と空間がゆがんでしまったせいで、反転世界（この世界の裏側にある、鏡のような不思議な世界）は黒い雲に覆いつくされてしまった。怒ったギラティナは、ディアルガを見つけ出し、反転世界へとひきずりこもうとする……。旅を続けるサトシとピカチュウたちの目の前に、「花はこび」と呼ばれている習性をもつ、かんしゃポケモンのシェイミが現われた。シェイミは、サトシたちを導いてグラシデアの花畑を探す旅に出るが、このグラシデアの花には、大きな秘密が隠されていた……。
シェイミを狙うギラティナ、謎の青年・ゼロなど、次々と巻き起こる困難に立ち向かいながら、反転世界へと乗り込むシェイミとサトシたちを待ち受けていたものとは……！？ポケモンたちのバトルの結末は！？グラシデアの花に隠された秘密とは？そして、シェイミの真の力とは！？