ピカチュウ、ポッチャマ、ナエトルたちは楽しみにしていた川に遊びにやって来た。時を同じく、ニャースやソーナンスたちも川遊びに来るのだが、そこには以前、みんなで楽しく遊んでいた頃のように川に水が無かったのであった。
ピカチュウたちとニャースたちはその原因を突き止めるべく、先を争って川の上流を目指すのだが、そこにたどり着く前に、みんなバラバラにはぐれてしまう。
さぁ、ピカチュウたちは無事、元通りの川の流れを取り戻し、楽しい川遊びが出来るのか！？