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ポケモンマスターを目指し、修業の旅をつづけるサトシたちのもとに、一通の招待状が届いた。しかしそれが、ミュウツーの罠であることも知らず、サトシたちは大荒れの海を渡ってある島を目指す。そこで待ち受けていたのは、オリジナルから、さらに強いポケモンをつくり、人間達への逆襲を計画する最強のポケモン「ミュウツー」だった。
計りしれないミュウツーのパワーに圧倒され、サトシたちがピンチを迎えた時、あの幻のポケモン「ミュウ」が現れ・・・。