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森へ足を踏み入れたユキナリは、ハンターに追われる「セレビィ」を守るうちに‘時を超える力’に巻き込まれ、40年先の未来へ。
そこで、サトシたちと出会うが、ロケット団史上最強の男‘ ビシャス’がセレビィを狙って襲いかかってきた。ビシャスはどんなポケモンでも凶悪に変えてしまうダークボールをあやつり、セレビィを奪ってしまう。捕われたセレビィを救おうと、サトシとユキナリは必死に立ち向かうが…。サトシたちはセレビィと森を救うことができるのか！？
生きとし生けるものの友情といのちのあり様を描いた、感動冒険大作！