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旅の途中、ポケモントレーナーの“リン”と出会ったサトシたちは、一番近いポケモンセンターのある町、“グリーンフィールド”に向かうことになった。その町の、大きな館でひとり寂しく暮らす少女ミー。ある夜ミーが、行方不明になってしまった父親シュリーの残した奇妙な文字カードを並び替えたことがきっかけで、謎のポケモン”アンノーン“が現れる。すると、まわりはみるみる結晶に覆われる。おどろくサトシたちの前に、伝説のポケモン「エンテイ」が現れ、サトシのママを結晶塔へ連れ去ってしまう！