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オレンジ諸島を旅するサトシたち一行。そこへ、謎のコレクター・ジラルダンが現れ、火の神といわれる「特別なファイヤー」をゲットしてしまう。そのことがきっかけで自然界のバランスが壊れ、世界は天変地異にみまわれてしまう。
サトシたちはこの世界を救うことができるのか…。そして現れた幻のポケモン「ルギア」は果たして敵なのか、味方なのか！？
南海の島々を舞台に繰り広げられる、壮大なポケモンアドベンチャー！