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子供から大人まで絶大な人気を誇る劇場版「名探偵コナン」シリーズの第９弾！

１５年前、北大西洋・海上。貨物船・第一八代丸が、巨大な氷山に衝突し、沈没。船長と一人のクルーが犠牲に。

時は流れ……　現代、西多摩市。
大財閥・八代グループの一つ、八代造船の設計士が、車を運転中に心臓発作を起こし、事故死。
その半月後、太平洋を行く豪華客船アフロディーテ号。園子の招待で、コナン、蘭、小五郎達は、その処女航海に参加していた。
政財界や社交界のトップが顔を揃える華やかな航海。そんな中、突然、園子は何者かに襲われ、監禁されてしまう。
そして、ついには殺人事件が発生。
それは、海上という逃げ場のない空間で繰り広げられる、恐ろしい陰謀の序章に過ぎなかった……。

海と陸での二つの事件と、過去と現在の二つの事故が絡み合う中、二人の探偵、コナンと小五郎の推理が激突する！