サトシと仲間（なかま）たちは、砂漠（さばく）のポケモンセンターを訪（おとず）れていた。休憩中（きゅうけいちゅう）にドーナツを食（た）べていると、背後（はいご）に謎（なぞ）のリングが出現（しゅつげん）し中（なか）から手（て）が伸（の）び、ドーナツを持（も）ち去（さ）ろうとしていた！サトシとピカチュウが手（て）にしがみつくと、リングの中（なか）に引（ひ）っ張（ぱ）り込（こ）まれてしまった。「おでまし～！」リングから飛（と）び出（だ）し、一瞬（いっしゅん）にして今回（こんかい）の旅（たび）の目的地（もくてきち）に移動（いどう）していたサトシとピカチュウ。初（はじ）めて出会（であ）った謎（なぞ）のポケモン フーパ。このポケモンの正体（しょうたい）は？リングに秘（ひ）められた力（ちから）とは？

「ダイヤモンド鉱国（こうこく）」のお姫様（ひめさま）、ほうせきポケモンのディアンシーは、国（くに）のエネルギー源（げん）である「聖（せい）なるダイヤ」を作（つく）り出（だ）す力（ちから）を身（み）につけるため、サトシ、ピカチュウ達（たち）とともに「生命（せいめい）のポケモン」ゼルネアスを探（さが）す旅（たび）に出（で）る。道中（どうちゅう）、襲（おそ）い掛（か）かる盗賊（とうぞく）やロケット団（だん）。ピンチを切（き）り抜（ぬ）け旅（たび）を続（つづ）ける一行（いっこう）の行（ゆ）く手（て）には、かつてカロス地方（ちほう）のあらゆる生命（せいめい）を消滅（しょうめつ）させたという「破壊（はかい）のポケモン」イベルタルの眠（ねむ）る繭（まゆ）が待（ま）ち受（う）けていた…。カロス地方（ちほう）を舞台（ぶたい）に新（あたら）しいポケモンや仲間（なかま）が大冒険（だいぼうけん）！

大都会（だいとかい）ニュートークシティを訪（おとず）れていたサトシとピカチュウたちは、 ポケモンたちのために設計（せっけい）された施設（しせつ）「ポケモンヒルズ」に立ち寄（よ）る。 すると見慣（みな）れないポケモンが現（あらわ）れ、「ウチニカエリタイ…」とテレパシーで語（かた）りかけてきた。 それは、3億（おく）年前の化石（かせき）から人間（にんげん）の手（て）によって現代（げんだい）によみがえったポケモン、ゲノセクトだった。 同情（どうじょう）したサトシは帰（かえ）る場所（ばしょ）を一緒（いっしょ）に探（さが）そうとするが、 彼（かれ）らを引き裂（さ）くように赤いゲノセクトが現（あらわ）れ、すさまじいエネルギー弾（だん）を発射（はっしゃ）する。 その絶対絶命（ぜったいぜつめい）のピンチを救（すく）ったのは、なんと伝説（でんせつ）のポケモン、ミュウツーだった。 「ゲノセクトは、本来（ほんらい）この世界（せかい）にいるはずのないポケモンなのです。私（わたし）と同じように…。」 人間（にんげん）に作（つく）り出されたミュウツーは、何（なん）とか力（ちから）になろうとするが、 その思（おも）いは届（とど）かず、ついに2体（たい）は相対（あいたい）することに！
覚醒（かくせい）したミュウツーが見せる本当（ほんとう）の力（ちから）とは？
運命（うんめい）に導（みちび）かれた激闘（げきとう）の結末（けつまつ）は？

サトシとピカチュウ、アイリス、デントたちは、つぎの目的地（もくてきち）ローシャンをめざし、 山沿（やまぞ）いを走（はし）る列車（れっしゃ）で旅（たび）をしていた。
サトシたちは、貨車（かしゃ）の上で、見たことのないポケモンが傷（きず）ついて倒（たお）れているのを発見（はっけん）する。
そこへ突如（とつじょ）、地上最強（ちじょうさいきょう）のドラゴンポケモン・キュレムが現（あらわ）れ、サトシたちに襲（おそ）いかかるが、 間一髪（かんいっぱつ）のところでキュレムの追撃（ついげき）から逃（のが）れる。
――世界（せかい）やポケモンを守（まも）っている"聖剣士（せいけんし）"と呼（よ）ばれし3体（たい）のポケモン、コバルオン・ビリジオン・テラキオン。
サトシたちが出会（であ）ったポケモンは、聖剣士（せいけんし）の後継者（こうけいしゃ）とも言（い）われる幻（まぼろし）のポケモン・ケルディオだった ―― 姿（すがた）をブラックキュレム／ホワイトキュレムに変（か）え、 圧倒的（あっとうてき）な強（つよ）さでサトシたちの前（まえ）に立（た）ちはだかるキュレムの目的（もくてき）は？
サトシたちは、この危機（きき）を乗（の）り越（こ）えられるのか？
仲間（なかま）を救（すく）うため、真（しん）の力（ちから）と誠（まこと）の勇気（ゆうき）、 そしてサトシたちとの友情（ゆうじょう）が、ケルディオの未知（みち）なる力（ちから）を呼（よ）び覚（さ）ます！

イッシュ地方（ちほう）を旅（たび）するサトシとピカチュウ、アイリス、デントたちは、 「大地（だいち）の剣（つるぎ）」と呼（よ）ばれる城（しろ）を中心に広がる街（まち）、アイントオークにやってきた。 この街（まち）はかつて、「大地（だいち）の民（たみ）の王国（おうこく）」として栄（さか）えていたが、現在（げんざい）は衰退（すいたい）してしまっていた。
サトシたちは、アイントオークの収穫祭（しゅうかくさい）の記念（きねん）バトルに参加（さんか）し、 そこで人やポケモンに不思議（ふしぎ）なパワーを与（あた）えることのできる幻（まぼろし）のポケモン・ビクティニと出会（であ）い、仲良（なかよ）くなる。 王国復活（おうこくふっかつ）を願（ねが）う大地（だいち）の民（たみ）の末裔（まつえい）、ドレッド・グランギルは、ビクティニのパワーを利用（りよう）し、 「大地（だいち）の剣（つるぎ）」を動（うご）かそうと企（たくら）むが、その影響（えいきょう）により、アイントオークはかつてない異変（いへん）に巻（ま）き込（こ）まれてしまう。
果（は）たして、サトシたちはこの街（まち）の危機（きき）を救（すく）えるのか？ビクティニの運命（うんめい）は？ ゼクロム、レシラムの謎（なぞ）とともに、ポケモン史上最大（しじょうさいだい）の冒険（ぼうけん）と感動（かんどう）が、君（きみ）に迫（せま）る！

みずとみどり、ふるい街並（まちな）みと近代的（きんだいてき）な建物（たてもの）がうつくしく調和（ちょうわ）するクラウンシティ。 そこでサトシたちは、なかまをさがしているというポケモン・ゾロアに出会（であ）い行動（こうどう）をともにすることに。 一方（いっぽう）、クラウンシティでは、ゾロアークとよばれるポケモンがライコウ、エンテイ、スイクンに化（ば）けてまちを破壊（はかい）。
さらに、20年（ねん）ぶりにまちに戻（もど）ってきたセレビィにも危機（きき）が迫（せま）っていた。 このままではクラウンシティがあぶない！幻影（げんえい）の覇者（はしゃ）ゾロアークとはいったい何者（なにもの）なのか。 そして、サトシとピカチュウはこのまちとポケモンたちのピンチを救（すく）うことができるのか！？

何千年(なんぜんねん）もの昔（むかし）、人間（にんげん）に裏切（うらぎ）られたアルセウス。
そのアルセウスが、人間（にんげん）に復讐（ふくしゅう）するために激（はげ）しい怒（いか）りとともに現代（げんだい）へと現れ、 サトシたちがたどり着（つ）いた町（まち）・ミチーナを攻撃（こうげき）する。
その時（とき）、サトシたちを助（たす）けるため、アラモスタウンで壮絶（そうぜつ）なバトルを繰（く）り広（ひろ）げたディアルガとパルキアが 空間（くうかん）を切（き）り裂（さ）いて現（あらわ）れる。
さらに、そのバトルによって反転世界（はんてんせかい）を汚（よご）され、ディアルガを追（お）ってきたギラティナまでもが姿（すがた）を現（あらわ）し、 かつてない神々（かみがみ）の戦（たたか）いがはじまった！この壮絶（そうぜつ）バトルの先（さき）にあるものは・・・？
神（かみ）と呼（よ）ばれしポケモンたちとの戦（たたか）いに終止符（しゅうしふ）がうたれるとき、この世界（せかい）の謎（なぞ）がついに明（あ）かされる！

ディアルガとパルキアの戦（たたか）いにより、時間（じかん）と空間（くうかん）がゆがんでしまったせいで、 反転世界（はんてんせかい）（この世界（せかい）の裏側（うらがわ）にある、 鏡（かがみ）のような不思議（ふしぎ）な世界（せかい）） は黒（くろ）い雲（くも）に覆（おお）いつくされてしまった。
怒（おこ）ったギラティナは、ディアルガを見（み）つけ出（だ）し、反転世界（はんてんせかい）へとひきずりこもうとする……。
旅（たび）を続（つづ）けるサトシとピカチュウたちの目（め）の前（まえ）に、「花（はな）はこび」と呼（よ）ばれている習性（しゅうせい）をもつ、かんしゃポケモンのシェイミが現われた。
シェイミは、サトシたちを導（みちび）いてグラシデアの花畑（はなばたけ）を探（さが）す旅（たび）に出（で）るが、 このグラシデアの花（はな）には、大（おお）きな秘密（ひみつ）が隠（かく）されていた……。
シェイミを狙（ねら）うギラティナ、謎（なぞ）の青年（せいねん）・ゼロなど、次々（つぎつぎ）と巻（ま）き起（お）こる困難（こんなん）に立（た）ち向（む）かいながら、 反転世界（はんてんせかい）へと乗（の）り込（こ）むシェイミとサトシたちを待（ま）ち受（う）けていたものとは……！？
ポケモンたちのバトルの結末（けつまつ）は！？ グラシデアの花（はな）に隠（かく）された秘密（ひみつ）とは？
そして、シェイミの真（しん）の力（ちから）とは！？

次（つぎ）のポケモンコンテストに参加（さんか）するため、アラモスタウンへやってきたサトシたちは、 町（まち）でアリスという可憐（かれん）な女性（じょせい）と出会（であ）った。
アリスに町（まち）のランドマークである「時空（じくう）の塔（とう）」や水（みず）と緑（みどり）が豊（ゆたか）な美（うつく）しい庭園（ていえん）に案内（あんない）され、 すっかり観光気分（かんこうきぶん）のサトシたちだったが、そこで一行（いっこう）は何者（なにもの）かによって庭園（ていえん）があらされているのを発見（はっけん）する。
そこへやってきたのは、この町（まち）の有力者（ゆうりょくしゃ）アルベルト男爵（だんしゃく）。
庭園（ていえん）をあらしたのは、幻（まぼろし）のポケモン・ダークライのしわざにちがいないと自信（じしん）ありげに語（かた）るアルベルト。 やがて不気味（ぶきみ）な影（かげ）の中（なか）から、サトシたちの前（まえ）に漆黒（しっこく）のポケモン、ダークライがこつぜんとその姿（すがた）を現（あらわ）したのだった。
はたして、ダークライは敵（てき）か？　それとも味方（みかた）なのか？

サトシたち一行（いっこう）は、「水中（すいちゅう）ポケモンショー」で有名（ゆうめい）なマリーナ一座（いちざ）のヒロミと出会（であ）う。
"水（みず）の民（たみ）"の子孫（しそん）であるヒロミから「海（うみ）の神殿（しんでん）・アクーシャに海（うみ）の王冠（おうかん）と呼（よ）ばれる秘宝（ひほう）が隠（かく）されている」 という伝説（でんせつ）を聞（き）くサトシたち。 そんな中（なか）、世界征服（せかいせいふく）を企（たくら）む、海賊（かいぞく）のファントムが「海（うみ）の王冠（おうかん）」を奪（うば）うため、 ヒロミたちが保護（ほご）していた「蒼海（うみ）の王子（おうじ）」と呼ばれるポケモンのタマゴを狙（ねら）って襲撃（しゅうげき）してきた。
激（はげ）しい争（あらそ）いの中（なか）、突然（とつぜん）強烈（きょうれつ）な光（ひかり）を放（は）つタマゴの中（なか）から、 幻（まぼろし）のポケモン・マナフィが誕生（たんじょう）する。
伝説（でんせつ）の秘宝（ひほう）の謎（なぞ）とは何（なに）か？ そしてマナフィの神秘（しんぴ）のパワーとは!?
いま＜海（うみ）の神殿（しんでん）＞を目指（めざ）して、はるかなる冒険（ぼうけん）の旅（たび）が始（はじ）まる!

サトシとピカチュウたちは、「波導伝説（はどうでんせつ）」が語（かた）り継）つ）がれるロータの町（まち）を訪（おとず）れる。
町（まち）の中心（ちゅうしん）にあるオルドラン城（じょう）では、数百年前（すうひゃくねんまえ）に争（あらそ）いを止（と）めるため 「世界（せかい）のはじまりの樹（き）」の力（ちから）を使（つか）った'波導（はどう）の勇者（ゆうしゃ） アーロン'を称（たた）えるお祭（まつり）が開（ひら）かれていた。
その年（とし）の勇者（ゆうしゃ）を決（き）めるポケモンバトルで見事（みごと）優勝（ゆうしょう）したサトシとピカチュウは、 '波導（はどう）の勇者（ゆうしゃ）'に選（えら）ばれて、お城（しろ）で開（ひら）かれるダンスパーティーへ・・・。 そこへ突然（とつぜん）、幻（まぼろし）のポケモン'ミュウ'が現（あらわ）れ、ピカチュウを連（つ）れて姿（すがた）を消（け）してしまった。 そしてその時（とき）、サトシたちの前（まえ）に数百年（すうひゃくねん）の封印（ふういん）から解（と）かれた、はどうポケモン'ルカリオ'が姿（すが）を現（あらわ）す！
ピカチュウはどこに？ ミュウの目的（もくてき）は？ そして、ルカリオの隠（かく）された過去（かこ）と波導伝説（はどうでんせつ）の秘密（ひみつ）とは？ 様々（さまざま）な謎（なぞ）の中（なか）、サトシはルカリオと一緒（いっしょ）に「世界（せかい）のはじまりの樹（き）」を目指（めざ）す。

突然（とつぜん）、遠（とお）い宇宙（うちゅう）からやってきた隕石（いんせき）が、大氷原（だいひょうげん）に激突（げきとつ）した。 氷原（ひょうげん）に住（す）むポケモンの調査（ちょうさ）に来（き）ていた科学者（かがくしゃ）「ロ ンド博士（はかせ）」の観測隊（かんそくたい）と息子（むすこ）「トオイ」は、 落下（らっか）の激（はげ）しい爆風（ばくふう）に巻（ま）き込（こ）まれてしまう。 周囲（しゅうい）をおおう水蒸気（すいじょうき）の中（なか） には幻（まぼろし）のポケモン「デオキシス」の影（かげ）が・・・。 そこへ'てんくうポケモン' 「レックウザ」が姿（すがた）を現（あらわ）し激（はげ）しいバトルを繰（く）り広（ひろ）げる！ バトルに巻（ま）き込（こ）まれるロンド博士（はかせ）とトオイ。 それから4年後（ねんご）、ハイテク都市（とし）＜ラルースシティ＞へやってきたサトシとピカチュウたちは、 この街（まち）のバトルタワーで行われるポケモンバトルに挑戦（ちょうせん）しようとしていた。 そこで偶然（ぐうぜん）知（し）り合（あ）った少年（しょうねん）、それがトオイだった。 トオイは4年前（ねんまえ）の経験（けいけん）のせいですっかりポケモンが苦手（にがて）になっていた。 そんなトオイの心（こころ）を開（ひら）こうとするサトシとピカチュウたち。 しかしそこへ突然（とつぜん）現（あらわ）れる、幻（まぼろし）のポケモン「デオキシス」。
その目的（もくてき）とは？ハイテクシティを舞台（ぶたい）に、サトシとトオイのアドベンチャーが始（はじ）まる！

千年（せんねん）に一度（いちど）、７日間（なのかかん）だけあらわれるという千年彗星（せんねんすいせい）の夜（よる）。 ホウエン地方（ちほう）を旅（たび）するサトシたち一行（いっこう）は＜移動（いどう）遊園地（ゆうえんち）・ポケモンパーク＞でマジシャンの「バトラー」と出会（であ）う。 不思議（ふしぎ）なことに、マサトだけにバトラーが持（も）っている「眠り繭（ねむりまゆ）」の中（なか）の声（こえ）が聞（き）こえてきた。 そしてある日（ひ）、「眠り繭（ねむりまゆ）」の中（なか）から「ジラーチ」が目覚（めざ）める。
ジラーチは、千年（せんねん）に一度（いちど）だけ目（め）をさまして人間（にんげん）の願（ねが）いを叶（かな）えてくれるといわれる伝説（でんせつ）のポケモンだった。 思（おも）わぬ出会（であ）いに喜（よろこ）ぶサトシたちだが、バトラーにはジラーチの持（も）つ秘（ひ）められた能力（のうりょく）を利用（りよう）して 成（な）し遂（と）げようとする、恐（おそ）ろしい野望（やぼう）があった・・・。

世界（せかい）で一番（いちばん）美（うつく）しく歴史（れきし）のある水（みず）の都（みやこ）＜アルトマーレ＞。 そこでサトシたちはポケモン水上（すいじょう）レースに参加（さんか）する。 そこへ少女（しょうじょ）' カノン'に変身（へんしん）した「ラティアス」が現（あらわ）れ、サトシたちは秘密（ひみつ）の庭（にわ）へと導（みちび）かれる。 秘密（ひみつ）の庭（にわ）を守（まも）る 'ボンゴレ'や、本物（ほんもの）のカノンと出会（であ）い、この庭（にわ）と秘宝（ひほう）「こころのしずく」の話（はなし）を聞（き）かされる。
しかし、秘宝（ひほう）を狙（ねら）う怪盗（かいとう）姉妹（しまい）'ザンナー'と 'リオン'がラティオスをとらえ、こころのしずくを奪（うば）ってしまう。 アルトマーレに隠（かく）された封印（ふういん）は解（と）かれ、やがて大津波（おおつなみ）が押（お）し寄（よ）せてくる。
サトシとピカチュウは、ラティアスとラティオスは、この危機（きき）をどう乗（の）り越（こ）えるのか！？

森（もり）)へ足（あし）を踏（ふ）み入（い）れたユキナリは、 ハンターに追（お）われる「セレビィ」を守（まも）るうちに'時（とき）を超（こ）える力（ちから）'に巻（ま）き込（こ）まれ、40年先（ねんさき）の未来（みらい）へ。
そこで、サトシたちと出会（であ）うが、ロケット団（だん）史上（しじょう）最強（さいきょう）の男（おとこ）' ビシャス'がセレビィを狙（ねら）って襲（おそ）いかかってきた。
ビシャスはどんなポケモンでも凶悪（きょうあく）に変（か）えてしまうダークボールをあやつり、セレビィを奪（うば）ってしまう。 捕（とら）われたセレビィを救（すく）おうと、サトシとユキナリは必死（ひっし）に立（た）ち向（む）かうが…。
サトシたちはセレビィと森（もり）を救（すく）うことができるのか！？ 生（い）きとし生（い）けるものの友情（ゆうじょう）といのちのあり様（さま）を描（えが）いた、感動（かんどう）冒険（ぼうけん）大作（たいさく）！

旅（たび）の途中（とちゅう）、ポケモントレーナーの"リン"と出会（であ）ったサトシたちは、 一番（いちばん）近（ちか）いポケモンセンターのある町（まち）、"グリーンフィールド"に向（む）かうことになった。 その町（まち）の、大（おお）きな館（やかた）でひとり寂（さび）しく暮（く）らす少女（しょうじょ）ミー。
ある夜（よる）ミーが、行方不明（ゆくえふめい）になってしまった父親（ちちおや）シュリーの残（のこ）した奇妙（きみょう）な文字（もじ）カードを並（なら）び替（か）えたことがきっかけで、 謎（なぞ）のポケモン"アンノーン"が現（あらわ）れる。 すると、まわりはみるみる結晶（けっしょう）に覆（おお）われる。 おどろくサトシたちの前（まえ）に、伝説（でんせつ）のポケモン「エンテイ」が現（あらわ）れ、サトシのママを結晶塔（けっしょうとう）へ連（つ）れ去（さ）ってしまう！

オレンジ諸島（しょとう）を旅（たび）するサトシたち一行（いっこう）。 そこへ、謎（なぞ）のコレクター・ジラルダンが現（あらわ）れ、火（ひ）の神（かみ）といわれる「特別（とくべつ）なファイヤー」をゲットしてしまう。 そのことがきっかけで自然界（しぜんかい）のバランスが壊（こわ）れ、世界（せかい）は天変地異（てんぺんちい）にみまわれてしまう。
サトシたちはこの世界（せかい）を救（すく）うことができるのか…。 そして現（あらわ）れた幻（まぼろし）のポケモン「ルギア」は果（は）たして敵（てき）なのか、味方（みかた）なのか！？ 南海（なんかい）の島々（しまじま）を舞台（ぶたい）に繰（く）り広（ひろ）げられる、壮大（そうだい）なポケモンアドベンチャー！

ポケモンマスターを目指（めざ）し、修業（しゅぎょう）の旅（たび）をつづけるサトシたちのもとに、一通（いっつう）の招待状（しょうたいじょう）が届（とど）いた。 しかしそれが、ミュウツーの罠（わな）であることも知（し）らず、 サトシたちは大荒（おおあ）れの海（うみ）を渡（わた）ってある島（しま）を目指（めざ）す。 そこで待（ま）ち受（う）けていたのは、オリジナルから、さらに強（つよ）いポケモンをつくり、 人間達（にんげんたち）への逆襲（ぎゃくしゅう）を計画（けいかく）する最強（さいきょう）のポケモン「ミュウツー」だった。
計（はか）りしれないミュウツーのパワーに圧倒（あっとう）され、サトシたちがピンチを迎（むか）えた時（とき）、あの幻（まぼろし）のポケモン「ミュウ」が現（あらわ）れ・・・。